实验目的:此次实验样品为人全血DNA;需要对生物DNA生物样本需要打断到150-300bp进行后续的测序建库实验,为得到这一片段长度下的样本,需进行梯度预实验。
实验设备:高通量声波基因组剪切仪 JXDNA-500PICO
样品前处理实验操作过程:
1.在实验开始前,需要先提前准确好实验超声波剪切设备以及实验所需应用的耗材和若干的实验样品
2.将适配器放入水槽中,再打开冷水机对其进行预冷直至4度
3.对生物样本进行稀释,将其稀释到同一浓度
4.把稀释好的同一浓度的DNA样本按照体积梯度将其投入样品离心管内,标好编号,震荡离心
5.把带有样品的离心管放入仪器的适配器内,但要注意水平配平,尽量将样品放置在适配器外圈
6.启动仪器,调节程序运行参数,设置好能量,工作时间,间隙时间,循环工作,总时长梯度为17min,20min,25min
7.待仪器程序运转结束后,即可取出样本,进行电泳检测
实验操作注意事项:
1.同等条件下人体DNA样本的打断难度大于小鼠大于植物,而不同的实验样品需单独进行预实验,不可混用实验结果
2.注意样品离心管内的样本体积,需确保仪器内水位要盖住样品
3.离心管需要配平,适配器压盖禁止倾斜,避免样本开盖污染
4.冷水机需要提前打开预冷,水流循环要调整稳定不能过于激烈
样品前处理实验结果:
综上结果可见,样品投入量能影响检测荧光强度,超声打断时间能影响片段长度。综合下机样品的片段长度和荧光强度,以及片段集中性,选择20μL打断25min作为实验条件。
在高通量测序样本制备过程中,DNA片段化处理是一个核心步骤。因此随机、准确、集中无偏差的DNA片段化是保证DNA文库质量和均一性的关键一步。高通量声波基因组剪切仪采用等温、非接触的方式对样品进行打断、匀浆和混合,为DNA片段化又提供了新的研究手段,进一步推动了分子生物学的研究发展。